A ontologia, como ciência filosófica, surge na cultura grega, pela ação construtiva de Aristóteles, que a chamava de prote philosophia, philosophia prima, filosofia primeira, e também de theologike episteme, ciência divina, porque estuda ela os seres mais divinos até alcançar o primeiro motor, o ato puro.
Na filosofia medieval, e sobretudo na escolástica, a teologia separa-se da Ontologia, porque a transcendência do ato puro, ontologicamente examinado, não alcança a totalidade da transcendência do ser infinito, que já é tema fundamental daquela disciplina. Deus não é um objectum da episteme, da ciência filosófica, mas o termo dessa ciência, a fim a ser alcançado por ela, e não dado como objeto a ser analisado, mas a ser conquistado.
O termo Ontologia foi cunhado propriamente por Johannes Clauberg e popularizado por Wolf. Consequentemente se pode dizer que a prote philosophia de Aristóteles, a philosophia prima dos escolásticos, a Ontologia, ou a Metafísica geral, e em algumas vezes a Metafísica, referem-se à mesma ciência do ser enquanto ser, que é a Ontologia.
No modo de considerar a Ontologia, houve, entre os escolásticos, uma dualidade de posição. Os que seguem a linha tomista, consideram-na como o coroamento da Filosofia, e deve ser precedida pela lógica, pela cosmologia, pela psicologia e pela filosofia matemática. Outros, porém, consideram-na como ciência fundamental, gestada na gnoseologia, subdividindo-a em metafísica geral e numa metafísica especial, referindo-se esta à metafísica do homem, antropologia filosófica, e à metafísica do mundo material, à Cosmologia.